Arrêts de travail : 3 nouvelles règles s’appliquent en entreprise depuis hier (1er septembre 2026)

L’absentéisme poursuit sa hausse préoccupante en France. Le taux de ces absences – de courtes ou longues au travail – s’établit à 4,3 % en 2025, soit + 25,5 % par rapport à 2019, selon l’étude de Malakoff Humanis publiée en juin 2026. Ce phénomène pèse toujours un peu plus sur les coûts pour les entreprises et pour l’Etat – autrement dit, pour l’économie française dans son ensemble. Il y a quelques années déjà, l’Institut Sapiens avait estimé le coût de l’absentéisme à près de 108 milliards d’euros par an.

C’est pourquoi, dans l’espoir de renverser la tendance, les prescriptions d’arrêt de travail seront davantage encadrées à compter du mardi 1er septembre 2026. En application de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, deux décrets du 12 juin précisent les nouvelles règles applicables. Ils fixent notamment une durée maximale pour les prescriptions initiales et les renouvellements, tout en organisant le recours au service du contrôle médical de l’Assurance maladie pour les longs arrêts.

La loi prévoit aussi que le médecin mentionne les éléments d’ordre médical et les motifs justifiant l’arrêt ainsi que sa durée sur les documents destinés au service du contrôle médical. Elle encadre également la durée des arrêts ouvrant droit au versement des indemnités journalières. Ces dispositions concernent les arrêts prescrits par les médecins, mais également ceux délivrés par les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes. Ces nouvelles règles s’inscrivent dans une réforme plus large visant à harmoniser les pratiques en matière d’accident du travail.

1/ Une durée maximale

Dans le détail, un premier décret du 12 juin 2026 précise qu’un arrêt de travail initial ne pourra, en principe, pas dépasser 31 jours (1 mois), tandis que son renouvellement sera limité à 62 jours (2 mois).

2/ Des dérogations possibles

La réforme prévoit, dans le même temps, une possibilité de dérogation. Lorsque l’état de santé du patient le justifie, le prescripteur pourra dépasser ces durées. À condition toutefois de motiver sa décision sur la prescription, en tenant compte de la situation médicale de l’intéressé et, le cas échéant, des recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS) en la matière.

Lorsque la durée maximale d’un renouvellement est atteinte, plusieurs prolongations successives restent possibles, chacune étant, en principe, limitée à 62 jours.

3/ Recours au contrôle médical

Un second décret du 12 juin 2026 complète, quant à lui, le dispositif. Il fixe à trois mois la durée de renouvellement à partir de laquelle le prescripteur pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance maladie.

Cette possibilité vise à mieux encadrer les arrêts de longue durée. Elle doit également permettre d’accompagner les professionnels de santé dans le suivi de leurs prescriptions et dans l’évaluation de leur durée. L’intervention du service du contrôle médical pourra ainsi contribuer à apprécier la justification de la poursuite de l’arrêt et à accompagner la prise en charge du patient.

Pour les employeurs et les services RH, cette réforme ne remet pas en cause les règles habituelles de transmission et de gestion des arrêts de travail. Elle pourra toutefois avoir une incidence sur le rythme des prolongations adressées par leurs salariés ainsi que sur le suivi administratif des absences de longue durée. Les employeurs devront, donc, être particulièrement attentifs aux dates figurant sur les avis d’arrêt de travail et à la succession des éventuelles prolongations à compter du 1er septembre 2026.